Juan Lorenzo Cafferata, su padre, procedente de Génova, se había radicado en Rosario hacia 1850 para dedicarse al comercio fluvial. Aunque por su trabajo de viajero, Juan Manuel nació en Buenos Aires el 1° de enero de 1852.
De chico estudió en el Colegio de la Inmaculada de la ciudad de Santa Fe, en el que ingresó en 1863. Años más tarde, se incorporó a la Escuela de Derecho de la misma ciudad. Al poco tiempo, se trasladó a Córdoba, donde en la Universidad de San Carlos Recibió el título de doctor en jurisprudencia, rindiendo su tesis el 12 de septiembre de 1881 con la calificación más sobresaliente.
Durante su época de estudiante, además fue Diputado Provincial y miembro del Consejo Municipal de aquella ciudad. Tras recibirse, regresó a su tierra adoptiva, Rosario, a fin de hacerse cargo de la Jefatura Política de la Ciudad, la que ejerció con indudable ecuanimidad.
Posteriormente, fue llamado a colaborar con los gobernadores Zavalla, Gálvez y Leiva, como Ministro de Gobierno, cargo en el que demostró ser idóneo en la resolución de problemas sometidos a su consideración, por lo que terminó siendo designado gobernador de Santa Fe el 7 de abril de 1890.
A lo largo de su administración se fundaron 17 colonias y se inauguraron múltiples escuelas primarias. Se creó el Colegios de Artes y Oficios, hoy Colegio San José de Rosario. Además fue quien inauguró oficialmente la Universidad Provincial de Santa Fe, hoy Universidad Nacional del Litoral, proyectada durante el Gobierno de Gálvez
En 1893 se vio obligado a renunciar tras producirse la revolución de 1893 (alzamiento armado protagonizado por la UCR), la cual cuestionaba la legitimidad de las elecciones que lo habían llevado al poder. Luego de varios días de luchas sangrientas, finalmente derrotaron al gobierno provincial encabezado por Cafferata (uno de los pocos que había asumido el poder legítimamente) y el 4 de agosto de aquel año asumió la gobernación el radical Mariano Candioti.
Ante la esterilidad de una resistencia que habría hecho derramar mucha más sangre, según su postura, optó por abandonar sus funciones. Deseoso de alejarse de la escena política, se trasladó con su familia a Capital Federal, dignamente y seguro de haber obrado con honradez.
Su situación económica se vio tan deteriorada, que sus hijos debieron trabajar de noche para poder costear sus estudios universitarios. Víctima de tuberculosis, enfermedad mortal por entonces, falleció en Córdoba el 23 de septiembre de 1920. Sus restos fueron trasladados y depositados en el Cementerio El Salvador de nuestra ciudad.
Al cumplirse 100 años de su deceso, su lápida sepulcral sigue exponiendo una corta expresión que resume su vida: “Amó la justicia y la verdad, sirvió a Dios y a la Patria”.
